当森可成败死的消息确定之后，二人一商量，如果信长还活着，那起码还要考虑考虑尽忠的事。现而今信长都凉透了，还是以洛阳为筹码，向足利义章投降吧！
一个完整的洛阳总比一个破烂的洛阳要好！
这两人的投降得到了足利义章的允许，当然是无条件投降，本身也不过是占有洛阳才有些许资本罢了，并不是据有军镇兵马的豪强。
免其一死，放归尾张就是最大的优待！
天正二年元月初六，足利义章进入洛阳，将军宣下。尊足利义昭为大御所，“指导”幕政。
畿内诸势力虽大多持反织田之态势，但是照旧分三六九等。大和筒井顺庆尊信长为主，不论何等情由，以从贼论处，没收全领，并由河边家吉统兵五千前往处断。
越前桂田长俊等将，乃是信长安堵之武士，一律论做大逆，由村上义光带三千众并督率江北众将往攻。
三好三人众罪大恶极，先杀畠山昭高，与之战斗的畠山高政又殁于与之对战阵中。加上弑杀公方之前罪，罪无可逭。
足利义章留细川采女总镇洛阳之后，带兵急攻，河内守护三好义继立刻响应，和泉上守护细川藤孝同样出阵，倒是大和松永久秀态度暧昧。
阿波守护代筱原长房颇识实务，在山内众与九鬼众水军进入大坂湾之后，主动撤兵，退保阿波。
毫无疑问的，三好三人众在和泉法门寺与七万幕府讨伐军会战，不过区区二万人的军队，只是半个小时就被摧垮。
岩成友通当场讨死，三好政康等也在之后的讨捕中被土民袭击，足利义章判其“竹锯引”之刑，以告慰其父山内义胜，以及先将军足利义辉之灵。
另一凶手松永久通惶惶而不可终日，最终在其父松永久秀的带领下，前往足利义章阵中。虽然足利义章恨极此人，但最终判处没收所领多闻山二万贯，流放高野山。
松永氏经此削弱，仅存大和两郡一万余贯。松永久秀无可奈何，最终答应。
整个畿内便只剩下唯一一个不便处理的硬骨头———石山本愿寺。
足利义章一方面率领七万余大军进入摄津，对摄津诸国人弹压，另一方面也提出会见显如上人的要求。
本愿寺内尚未及争论，大坂湾内受到山内氏邀请的南蛮商船以及山内氏自身所拥有之两艘炮艇猛烈对空开炮。
上百门大炮射击，地动山摇。即使是佛陀显圣想必也将在大炮的射击下神形崩溃，更不要提石山城内的普通僧众了。
跟随山内军上洛的愿证寺父子进入石山城，说得显如上人出城来见。
足利义章与显如上人相谈甚欢，甚至连续三日举办茶会、连歌会。而后一个劲爆的消息被公开，先将军足利义辉之女，将与显如上人嫡子联姻！