当时的情况对燕王十分不利，如果强攻，损失过大，所以只能智取。朱能献策，擒贼先擒王，抓住张、谢贵，其他人就好办了。朱棣采纳了他的建议，命人埋伏在端礼门两侧，然后派人请张、谢前来。张、谢怀疑有诈，不肯前往燕王府。朱棣又命人拿着朝廷要抓捕官属的名单前去，这样二人才相信。在燕王府，张、谢的随从被拦截在大门外。朱棣拄着拐杖坐着，设宴行酒。他拿起一块西瓜，放在嘴边，欲尝又止，对二人说：”现在平民百姓，兄弟宗族之间，还知道相互体恤。我身为天子近亲，却朝不保夕。既然这样，天下还有什么做不得呢？”说完，愤怒地将西瓜摔到地上。埋伏的勇士听到暗号，一拥而上，将张、谢贵擒获。随后，朱棣命朱能、张玉等人迅速击败了城内的守军，控制了北平。
计除卜万朱棣攻打怀来宋忠部之时，大宁兵马号称10万，在都督刘真、都督佥事陈亨、都指挥卜万率领下出松亭关（今河北迁安县西北），将要进攻遵化。七月二十四日，朱棣亲自率兵增援。刘真等人知道宋忠兵败怀来后，退守松亭关，拒不出战。三员主将中，刘真年老力衰，又缺乏计谋，不足为虑；陈亨是燕王的老部下，持观望态度；只有卜万英勇善战，成为燕王的眼中钉。
恰巧捉到两个大宁的士兵，朱棣遂决定使用反间计，除去卜万。他假意写给卜万一封信，对他大加赞赏永乐七年所造铜铳，极力诋毁陈亨。他命一个被俘的大宁军卒将信藏在衣领内，然后设酒席款待他，并送给他一些银两，又故意让另一个军卒看到这一切。燕王随后将二人放归。未得赏赐的士卒忿忿不平，回去后将此事上告。刘真果然在士卒身上找到了那封信，就信以为真，将卜万投入狱中，并籍没其家。卜万后来死在了狱中。
成祖朱棣是一位较有作为的皇帝，在历史长河中占有重要的位置。他的一生，文治武功不逊色于历朝君主。然而他性格暴戾，特别是在靖难之役后以极其残忍的手段大肆屠戮建文遗臣，成为他人生中无法洗涤的污点。
朱棣攻取南京后，对于那些不肯归附自己的大臣严加惩治，无所不用其极。建文帝削藩的主要谋士黄子澄，先被砍去双手、双腿，然后方将其杀死，齐泰亦被”族诛”。朱棣对抵抗最为坚决的铁铉非常愤恨，命人割下了他的耳鼻后才将其杀死，妻女充为官妓。礼部尚书陈迪和儿子等六人同日就刑，朱棣在行刑前将陈迪儿子的耳鼻割下煮熟让陈迪吃掉，并问味道如何。陈迪没有惧色，回答道”忠臣孝子的肉鲜美无比”，坦然就刑。
这些事件中，以方孝孺的”诛十族”最为惨烈。方孝孺是当时最有名的读书人，就连姚广孝也向成祖为其求情。成祖召方孝孺为其写即位诏，方孝孺坚决不从。朱棣以死相威胁，自己的性命不要了，难道还不顾及九族吗？方孝孺大义凛然，朗声回答”便十族奈我何”。成祖盛怒，将其灭门十族。自古以来，最严厉的莫过于诛九族，从来没有诛十族的先例。方孝孺墓方孝孺一案，成祖可是开了先河，空前绝后。所谓十族，就是在九族之外将朋友门生牵连在内。
不久之后，朱棣又兴”瓜蔓抄”。景清在成祖登基后并没有马上殉节，而是委身于朝班很长时间。一天，他身穿绯衣，暗藏利刃，准备行刺朱棣。朱棣见其神色异常，命人搜身，得到利刃。景清当庭辱骂朱棣，不屈而死。朱棣命人将他剥皮实草，系于长安门示众，并令用铁刷子将景清的肉一层层刷下，还把骨头打碎。他还不解气，将其灭族，街坊邻居也受到了牵连，后来乃至于和景清稍有些关系的人都被杀，犹如瓜之蔓，牵连甚广，许多无辜的人惨遭横祸。
成祖朱棣对建文旧臣的杀戮前后长达十余年，在晚年时法禁犹严，直到仁宗朱高炽即位后这种情况才得以改变。成祖实行这种近于疯狂的严法酷刑，一方面与其个性有关，但更为本质的原因则是内心的虚弱。他发动靖难之役，说到底是夺了侄子建文帝的皇位，在皇位继承的合法性上是要大打折扣的，这一点他自然心知肚明。因此，他希望能够用屠刀堵住人们的非议之口，并想尽办法证明自己是皇位的合法继承人。为此，他甚至不惜在生母的问题上做文章。
成祖的生母是谁，一直存在着争议，至今学术界未有定论。朱棣出生之时，正值天下大乱，群雄并起之际。朱元璋尚未建立明朝，而是忙于争夺天下，当时尚无朱棣生母的争论。等到朱棣夺位以后，关于他的生母是谁的问题突然敏感起来。自永乐时期以来，各种官方史书和野史上都对成祖生母问题有所记载和猜测。上个世纪以来，李晋华、傅斯年、朱希祖、吴晗”大明永乐年施”款铜鎏金佛像等一批知名学者都对这个问题进行了详实的研究。