kid以偷盗为业，专偷宝石。然而他偷宝石的目的究竟什么呢？他经常将偷来的宝石物归原主，那么他到底要寻找一颗怎样的宝石？？！！（你别跟我说，基德是空虚寂寞，想找些事来消遣……）
难道……真如某同人文所言，他要找一颗与黑衣组织有关的宝石？？！！
6、aptx4869之谜
关于组织的研究的药aptx4869，还是有矛盾的地方：一方面组织是拿aptx4869当毒药使的；另一方面灰原却说她研究的是起死回生的药。这是怎么一回事？
在tv130《竞技场无差别胁迫事件》中，灰原说“人是不能违逆时光的洪流的，勉强逆天而行的人必定会受罚的”，“我研究的目的根本不在那种药物上，只不过是地球上大部分人类的愚昧贬低了它的存在价值而已”，她这些话又是什么意思？
贝尔摩德说的“我们既是神也是魔鬼，因为我们要令时光倒转，让人起死回生。”说的难道就是aptx4869？？！！
7、贝尔摩德“失误”之谜
这是我很感兴趣的一个问题，苦思良久却一直没有想到一个合理的解释。直觉告诉我，这问题可能很重要。
贝尔摩德假扮成新出医生在帝丹小学和高中展开调查，这说明她早就考虑到了宫野志保（灰原哀）有变小的可能。
在那么久的时间里，为什么仍然没能把灰原找出来呢？！！即便灰原没有去参加体检，但只要查一下最近转校生的资料，应该是很容易发现她的，为什么结果还是没有呢？
而且最后还是在很偶然的情况下－－博士自己请她上门才意外发现的！凭她的能力这怎么也说不过去吧？
另外，如果说贝尔摩德对哀是手下留情，也是说不过去的。因为后来她发现哀后立即就采取了行动，而且是处心积虑设下圈套！毫无疑问，她是想置哀于死地。贝尔摩德对哀并不存在像对新一和兰那样的感情。
那么对这个问题究竟该怎么解释呢？
青山的笔误－－这是我从众多不合理原因中，找到的唯一比较合理的解释，有点自欺欺人的感觉……
8、赤井秀一“殉职”之谜
赤井秀一的生死之谜，我以前就发帖作过详细分析，可以通过下面链接回顾一下。这里再简单说几句。
赤井秀一的“死”留下了重重谜团，使得许多人相信这是秀一和水无怜奈精心设下的一个布局。
而就在大家都期盼着秀一的回归之时，却突然出现了一个神秘人物冲矢昴，再加上水无所说的组织新出动的成员bourbon，使得一切谜团都交织在了一起。这三个名字之间，究竟有着怎样的关系？
是秀一=冲矢=bourbon，还是秀一=冲矢≠bourbon，还是秀一≠冲矢=bourbon，还是秀一≠冲矢≠bourbon？
也许等待就是最好的答案……
9、赤井与灰原关系之谜。
在“红与黑的碰撞”系列最后几集里，哀说自己暂时还不想和秀一见面，这是为什么？
难道当年秀一还在组织时，与志保间有不可告人的秘密？！还是说他们之间曾经发生过一些特别的事？！！
这个谜难道又会和那个同人结局所说的那样？！！
最热门的柯南同人结局
10、灰原隐藏秘密之谜
灰原到底知道多少？她到底还有多少事情瞒着新一？
从哀的种种表现看，她知道的东西相当多，甚至还有可能知道组织boss是谁！那么她之所以一直不肯告诉新一的原因，可能是她认为即便是新一，他的能力也是不能和组织抗衡的，告诉他也只是害他而已。
其实灰原的心态的确很微妙，自从她拒绝fbi的证人保护计划之后，她的态度相比以前那种一味消极逃避是好很多了，仔细前后对比一下，应该不难发现。但在这件事上，她却还是没有勇气去面对。所以我才会觉得她是知道“那位先生”是谁……
如果不知道，她反而可能会没有顾忌，也不会阻止新一去调查。但令我不解的是新一居然也听了她的话，竟真的没去调查……以工藤新一的个性，应该不可能放着邮箱地址这么重要的线索不去查啊，而且当时又已经有fbi介入了，他一个人不行可以告诉他们，让他们帮忙啊，而且还有当时还有他的“战友”赤井秀一啊，为什么不告诉他？
百思不得其解……
哪个大叔脖子上的针啊。。听不太懂。。。结局是柯哀还是新兰？这个不清楚，因为作者还没透露呢。。我个人感觉应该新兰一起的，总觉得柯南已经把小兰当成生命的一部分了，危险的时候会担心她，保护她，小哀觉得她就是一个悲剧角色，尽管她才华横溢，又很漂亮，她与柯南充其量不过是搭档，知音，或者是生死之交吧不过我既支持柯哀，也支持新兰，她们都是好女孩啊，都跟新一很配啊