在“足利义满”死后，其子“足利义持”改变政策，双方勘合贸易中断，日本也不再剿捕倭寇，“足利义满”时期稍有收敛的倭寇劫掠又在中国沿海一带蔓延开来。
其后，在“足利义教”时期，中日勘合贸易又得以恢复。成化三年，即日本应仁元年（1467）年，日本进入了战国时代，足利幕府衰弱，勘合贸易制度遭到破坏，一些守护大名为了争得与明朝贸易的权力，抢夺勘合，没有贸易勘合的大名便进行海盗活动。
明嘉靖以后，中日勘合贸易完全断绝，倭寇侵扰日益严重。明初，由于国力强盛，重视海防措施，因此倭寇未能酿成大患。
正统以后，随着明朝政治腐败，海防松弛，倭寇气焰便日益嚣张。明英宗正统四年（1439）年，倭寇侵扰浙江台州的桃渚村，杀人放火，掘坟挖墓，甚至把婴儿束在竿上，用开水浇，看着婴心啼哭，拍手叫好。
倭寇的罪行，给大明百姓带来了痛苦和灾难至嘉靖时期，随着东南沿海一带商贸经济的进一步发展，对外贸易相当发达。沿海一带个人经营的海上贸易也十分活跃。
一些海商大贾、浙闽大姓为了牟取暴利，不顾朝廷的海禁命令，和“番舶夷商”相互贩卖货物，他们成群分党，形成海上武装走私集团，有的甚至亡命海外，勾结日本各岛的倭寇，于沿海劫掠。
这些海盗商人如王直、徐海等，与倭寇勾结，使得倭患愈演愈烈，一发不可收拾。同时一些明朝官僚也与这些寇盗建立了联系。
嘉靖二十七年（1548）年，明朝派朱绔巡抚浙江，兼提督福建军务，朱绔到任后，封锁海面，击杀了通倭的李光头等九十六人。
朱绔的海禁触犯了通倭的官僚、豪富的利益，他们指使在朝的官僚攻击朱绔，结果朱绔被诬蔑被迫自杀。
从此巡视大臣不在设置，朝中朝外也不敢再提海禁之事。倭寇更加猖獗起来。倭寇的滔天罪行，给大明沿海地带的百姓造成了毁灭性的灾难。
被激愤的百姓纷纷组织起来，进行抗倭的自卫斗争，嘉靖三十一年（1552）年，倭寇再次入侵，南汇县、闵电等地募集千余人抗倭。
同年倭寇进犯松江，营州商贩孙镗，资助军饷，还派人回家乡动员子侄前来参加抗倭斗争。当时有“吴中倚镗若长城”的说法。
嘉靖三十四年（1555）年，由苗、汉、壮、瑶等各组百姓组成的抗倭军队，在明朝爱国将领戚继光，（嘉兴北）大破倭寇，斩敌两千人，这是嘉靖年间抗倭斗争中的一次巨大胜利，被称为“自有倭患以来，此为战功第一。”
嘉靖三十七年（1558年），倭寇进犯定海，城中居民誓死抵抗，倭寇转攻长乐，城墙崩坏几十米，居民数千人列栅拒战，拼死防守。同年，倭寇袭击扬州，各地来扬州经商的商人数百人参加守城作战，郜姓商人射死倭寇首领，扬州城得以保全。抗倭斗争中涌现出了戚继光为代表的爱国将领，他们依靠人民的力量，在抗倭斗争中屡建战功，终于取得了抗倭斗争的胜利。明朝近200年的倭患,也至此宣告结束。
而据个人观点，二战时期日本侵略除了看重中国，国土广袤，物资富饶之外，可能也介于两国有数百年的恩怨。